허가구역이 둘 이상의 시의 관할 구역에 걸쳐 있는 경우 국토교통부장관이 지정한다.

시ㆍ도지사는 지정기간이 끝나는 허가구역을 계속하여 다시 허가구역으로 지정하려면 시ㆍ도도시계획위원회의 심의전에 미리 시장ㆍ군수 또는 구청장의 의견을 들어야 한다.

허가구역지정 공고내용의 통지를 받은 시장ㆍ군수 또는 구청장은 지체 없이 그 공고 내용을 그 허가구역을 관할하는 등기소의 장에게 통지하여야 한다.

허가구역의 지정은 허가구역의 지정을 공고한 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다.

국토교통부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되면 중앙도시계획위원회의 심의를 거치지 않고 허가구역의 지정을 해제할 수 있다.