DNA의 변성 온도는 염기 A와 T의 비율이 높을수록 낮다.

일반적으로 혼성 RNA-DNA 두 가닥 사슬보다 쉽게 변성된다.

염기 G와 C 비율이 높은 DNA는 염기 A와 T 비율이 높은 DNA보다 다소 높은 부유밀도를 갖는다.

다른 종류의 변성된 DNA를 혼합하여 냉각시키면 서로 다른 두 가닥 DNA를 형성하기도 한다.