말소등기는 등기사항의 일부가 부적법한 경우에도 할 수 있다.

등기관이 등기완료 후 그 등기가 “사건이 등기할 것이 아닌 때”에 해당하는 것임을 발견한 경우에도 이를 직권말소할 수 없다.

토지수용으로 인한 소유권이전등기 신청이 있는 경우에 그 부동산을 위하여 존재하는 지역권의 등기는 말소하여야 한다.

소유권보존등기가 착오로 경료된 경우 그 등기명의인은 신청착오를 원인으로 하여 그 등기의 말소를 신청할 수 없다.

말소등기는 기존의 등기를 법률적인 차원에서 말소시키는 점에서 부동산이 물리적으로 멸실된 경우에 행하는 멸실등기와 구별된다.