장기보유특별공제는 단계별 초과누진세율제도하에서 장기간 축적된 보유이익이 양도시점에 일시에 실현됨으로 인하여 발생하는 과도한 세부담을 완화하는 효과가 있다.

미등기양도자산(법령이 정하는 자산은 제외)에 대하여는 장기보유특별공제의 적용이 배제된다.

법령의 규정에 의하여 양도소득세가 중과세되는 비사업용토지에 대하여는 장기보유특별공제의 적용이 배제된다.

장기보유특별공제는 양도차익의 45%까지 공제될 수 있다.

1세대 1주택에 해당하는 등기된 고가주택을 양도하는 경우에는 장기보유특별공제의 적용이 배제된다.