「산지관리법」에 따른 산지전용허가를 받지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우는 농지전용허가의 대상이 아니다.

다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우는 농지전용허가를 받지 않아도 된다.

농지를 토목공사용 토석을 채굴하기 위하여 일시 사용하려는 사인(私人)은 3년 이내의 기간 동안 사용한 후 농지로 복구한다는 조건으로 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장의 허가를 받아야 한다.

농림수산식품부장관은 농지전용허가를 하려는 경우 농지보전부담금(감면사유는 고려하지 않음)을 미리 납입하게 하거나 그 납입을 허가의 조건으로 하여야 한다.

농지전용허가를 받은 자가 관계 공사의 중지명령을 위반한 경우에는 허가를 취소하거나 조업의 정지를 명할 수 있다.