전통적 균류의 분류는 형태적 특징과 유성번식체의 발육을 기준으로 하였다.

균류분자계통분류는 핵산의 염기배열에 기준을 둔다.

형태적 특징에 의한 균류의 분류는 변할 수 없다.

균류의 분류는 계통진화 연구로 다른 생물군에 비하여 유동적이라 할 수 있다.