GC는 주로 휘발성 물질의 분석에, HPLC는 비휘발성 물질의 분석에 활용된다.

GC는 이동상이 기체이고, HPLC는 이동상이 액체이다.

HPLC는 GC보다 시료 회수가 어렵다.

일반적으로 GC의 민감도가 HPLC보다 높다.