독립영양균은 탄소원으로 이산화탄소를 이용하지만 종속영양균은 유기화합물을 필요로 한다.

독립영양균은 광합성 독립영양균과 화학합성 독립영양균으로 나뉘어진다.

종속영양균에는 생물에 기생하는 활물기생균과 유기물에만 생육하는 사물기생균이 있다.

미생물이 영양분을 분해하여 에너지를 얻는 화학변화과정의 차이에서 구분된다.