대부분의 프로바이오틱스는 유산균들이며 균주에 의한 가스 발생 등으로 설사를 유발할 수 있다.

과량으로 섭취하면 heterofermentation을 하는 균주에 의한 가스발생 등으로 설사를 유발할 수 있다.

프로바이오틱스가 장 점막에서 생육하게 되면 장내의 환경을 중성으로 만들어 장의 기능을 향상시킨다.

프로바이오틱스가 장내에 도달하여 기능을 나타내려면 하루에 10⁸~10¹⁰cfu 정도를 섭취하여야 한다.