식품의약품안전청장이 지정하는 식품위생검사기관은 식품위생전문검사기관과 자가품질위탁검사기관으로 구분된다.

식품위생검사기관의 지정에 관한 유효기간은 지정받은날로부터 3년으로 하며, 1년을 초과하지 않는 범위에서1회에 한해 그 기간을 연장할 수 있다.

식품위생검사기관은 고의 또는 중대한 과실로 거짓의식품위생검사 성적서를 발급한 경우 지정이 취소된다.

식품위생검사기관 중 자가품질위탁검사기관은 수입식품, 건강기능식품을 포함한 식품에 대한 검사를실시할 수 있다.