진균류는 조상균류와 순정균류로 분류된다.

순정균류는 자낭균류, 담자균류, 불완전균류로 분류된다.

균사에 격막(격벽, septa)이 없는 것을 순정균류, 격막을 가진 것을 조상균류라 한다.

조상균류는 호상균류, 접합균류, 난균류로 분류된다.