시료의 개체수는 계수 면적당 10~40 정도가 되도록 희석 또는 농축한다.

시료가 육안으로 녹색이나 갈색으로 보일 경우 정제수로 적절한 농도로 희석한다.

시료 농축방법인 원심분리방법은 일정량의 시료를 원심침전관에 넣고 100×g ~ 150×g로 20분 정도 원심분리하여 일정배율로 농축한다.

시료농축방법인 자연침전법은 일정시료에 포르말린 용액 또는 루골용액을 가하여 플랑크톤을 고정시켜 실린더 용기에 넣고 일정시간 정치 후 싸이폰을 이용하여 상층액을 따라 내어 일정량으로 농축한다.