환경부장관은 비점오염원에서 유출되는 강우유출수로 인해 하천·호소 등의 이용목적. 주민의 건강·재산이나 자연생태계에 중대한 위해가 발생하거나 발생할 우려가 있는 지역에 대해 관할 시·도지사와 협의하여 비점오염원 관리지역을 지정할 수 있다.

시·도지사는 관할구역 중 비점오염원의 관리가 필요하다고 인정되는 지역에 대해 환경부장관에게 관리지역으로의 지정을 요청할 수 있다.

관리지역의 지정기준, 지정절차, 그 밖의 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

환경부장관은 관리지역의 지정사유가 없어졌거나 목적을 달성할 수 없는 등 지정의 해제가 필요하다고 인정되는 경우에는 관리지역의 전부 또는 일부에 대하여 그 지정을 해제할 수 있다.