시료의 개체수는 계수 면적당 50∼75 정도가 되도록 조정한다.

시료가 육안으로 녹색이나 갈색으로 보일 경우 정제수로 적절한 농도로 희석한다.

시료 농축방법으로는 원심분리방법과 자연침전법이 있다.

자연침전법은 일정시료에 포르말린 용액 또는 루골용액을 가하여 플랑크톤을 고정시켜 실린더 용기에 넣고 일정시간 정치 후 싸이폰을 이용하여 상등액을 따라내어 일정량으로 농축한다.