독성물질에 대한 질산화 저해 방지 불가능

온도가 낮을 경우에는 반응조 용적이 매우 크게 소요

BOD/TKN 비가 낮아 안정적인 MLSS 운영이 어려움

운전의 안정성은 미생물 반송을 위한 이차침전지의 운전에 좌우됨