활성슬러지법과 비교하면 이차침전지로부터 미세한 SS가 유출되기 쉽다.

처리과정에서 질산화 반응이 진행되기 쉽고 이에 따라 처리수의 pH가 낮아지게 되거나 BOD가 높게 유출될 수 있다.

생물막법은 운전관리 조작이 간단하지만 운전조작의 유연성에 결점이 있어 문제가 발생할 경우에 운전방법의 변경 등 적절한 대처가 곤란하다.

반응조를 다단화 하기 어려워 처리의 안정성이 떨어진다.