활성슬러지 공정 내의 미생물은 Pseudomonas, Zoogloea, Archromobacter 등이 있다.

사상성 미생물인 Protozoa가 나타나면 응집이 안 되고 슬러지 벌킹현상이 일어난다.

질산화를 일으키는 박테리아는 Nitrosomonas와 Nitrobacter 등이 있다.

포기조에서 호기성 및 임의성 박테리아는 새로운 세포로 변화시키는 합성과정의 에너지를 얻기 위하여 유기물의 일부를 이용한다.