환경부장관은 비점오염원에서 유출되는 강우 유출수로 인해 중대한 위해가 발생한 우려가 있는 지역에 대해 비점오염원관리지역을 지정할 수 있다.

시・도지사는 관할구역 중 비점오염원의 관리가 필요하다고 이전되는 지역에 대해 환경부장관에게 관리지역으로의 지정을 요청할 수 있다.

관리지역의 지정기준・지정절차・그 밖의 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

환경부장관은 관리지역의 지정사유가 없어졌다면 관리지역의 전부 또는 일부에 대하여 지정을 해제할 수 있다.