생산된 물은 pH나 경도가 높기 때문에 필요에 따라 적절한 약품을 주입하여 수질을 조정한다.

막모듈은 플러싱과 약품세척 등을 조합하여 세척한다.

장기간 운전중지하는 경우에 막보전액으로는 중아황산나트륨 등을 사용한다.

공급수 중의 이물질로 고압펌프와 막모듈이 손상되지 않도록 하기 위하여 고압펌프의 흡입측 공급수 배관계봉에 안전필터를 설치한다.