부영양화가 진행되면 상품가치가 높은 어종들이 사라져 수산업의 수익성이 저하된다.

부영양화된 호수의 수질은 질소와 인 등 영양염류의 농도가 높으나 이의 과잉공급은 농작물의 이상 성장을 초래하고 병충해에 대한 저항력을 약화시킨다.

부영양호의 pH는 중성 또는 약산성이나 여름에는 일시적으로 강산성을 나타내어 저니층의 용출을 유발한다.

조류로 인해 정수공정의 효율이 저하된다.