배출부과금은 초과배출부과금과 기본배출부과금으로 구분하여 부과한다.

초과부과금은 배출허용기준의 초과한 경우에 부과 하며 사업장의 규모, 배출허용기준을 초과한 오염물질배출량과 배출농도등에 따라 부과한다.

기본부과금은 방류수 수질기준을 초과한 경우에 부과하며 배출허용기준이상으로서 방류수수질기준을 초과한 오염물질배출량과 배출농도등에 따라 부과한다.

기본부과금의 부과대상이 되는 오염물질의 종류는 유기물질과 부유물질이다.