지하수 시료는 물을 충분히 퍼낸 다음, pH와 전기전도도를 연속적으로 측정하여 각각의 값이 평형을 이룰 때 채취한다.

시료채취 용기에 시료를 채울 때에는 어떠한 경우라도 시료교란이 일어나서는 안된다.

시료채취량은 시험항목 및 시험횟수에 따라 차이가 있으나 보통 1~2 L 정도이어야 한다.

채취용기는 시료를 채우기 전에 대상시료로 3회 이상 씻은 다음 사용한다.