펜톤시약의 반응시간은 철염과 과산화수소수의 주입 농도에 따라 변화를 보인다.

펜톤시약을 이용하여 난분해성 유기물을 처리하는 과정은 대체로 산화반응과 함께 pH조절, 펜톤산화, 중화 및 응집, 침전으로 크게 4단계로 나눌 수 있다.

펜톤시약의 효과는 pH 8.3~10 범위에서 가장 강력한 것으로 알려져 있다.

폐수의 COD는 감소하지만 BOD는 증가할 수 있다.