호기성 소화에 비하여 소화슬러지의 발생량이 적다.

오랜 소화기간으로 소화슬러지 탈수 및 건조가 어렵다.

소화가스는 냄새가 나고 부식성이 높은 편이다.

고농도 폐수나 분뇨를 비교적 낮은 에너지 비용으로 처리할 수 있다.