국민주택기금은 국토해양부장관이 운용ㆍ관리한다.

국민주택기금의 운용ㆍ관리에 관한 사무를 위탁받은 기금수탁자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국민주택기금의 조성 및 운용 상황을 국토해양부장관에게 보고하여야 한다.

국토해양부장관이 국민주택기금의 운용에 관한 계획을 수립하려는 경우에는 미리 행정안전부장관과 협의하여야 한다.

국민주택기금의 회계연도ㆍ운용계획 및 결산 등에 관하여는 원칙적으로 「국가재정법」을 적용한다.