대규모 토지소유자에 대한 소유권의 침해가 크다.

사업의 진행에 따라 투기적 매입자들이 개입하고 현저한 지가상승으로 토지소유자들이 불로소득을 얻을 경우 조성된 택지가 장기간 공한지로 남을 수 있다.

공공감보(公共減步)에 대한 명확한 기준이 없기 때문에 공공감보가 수익자 부담인지, 기부금이나 개발부담금에 상당하는 것인지 또는 개발이익의 사회적 환원인지 등 사회적 명분이 불분명하다.

사업 후 지가가 토지소유자들 사이에 큰 차이가 나타냄으로서 환지계획을 둘러싸고 민원 발생의 소지가 크다.