화폐단위로 환산이 용이한 항목만을 다루기 때문에 대안 평가에서 경제적인 측면만 강조된다.

계획안 전체에 대한 형평성을 고려하기 때문에 각 평가 주체에 대한 편익의 경제성이라는 기준이 결여되어 있다.

내부수익률을 기준으로 하는 경우, 사업의 전 기간에 걸쳐 일정한 할인율을 가정하기 때문에, 실제 할인율이 차등적으로 적용되는 경우에 문제가 될 수 있다.

평가 항목 간의 상충(Trade off) 관계를 반영해 주지 못한다.