다른 법령에 따른 교통·물류 관련 계획은 국가기간교통망계획보다 우선한다.

국가기간교통망계획은 「국토기본법」에 따른 국토종합계획과 조화를 이루어야 한다.

관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장은 토지 이용에 관한 계획을 수립할 때 국가기간교통망계획을 반영하지 않아도 무방하다.

국토교통부장관은 교통·물류 및 토지 이용에 관한 계획이 국가기간교통망계획과 맞지 아니하다고 판단되더라도 지방자치단체의 장에게 해당 계획을 조정할 것을 요청할 수 없다.