파일이 기록될 때는 실제 데이터 영역에는 클러스터 단위로 파일이 기록되고, 그 클러스터의 위치가 FAT 영역에 기록된다. 그러므로 클러스터의 크기가 늘어나면 그만큼 기록되는 클러스터의 위치가 늘어나게 되어 검색 속도가 빨라지게 된다.

데이터를 저장할 때 하드디스크에서는 이 데이터들을 섹터라는 최소 단위로 기록한다. 그러나 운영체제는 이 데이터들을 섹터 단위가 아닌 파일 단위로 저장한다.

파일은 그 내용 여부에 따라 크기가 다르기 때문에 파일을 구성하는 섹터의 크기도 달라진다. 이러한 파일과 섹터의 저장 방법 및 파일 관리를 하는 것을 파일 시스템이라고 부른다.

일반적으로 FAT를 파일 시스템이라 하는데, 이것은 운영체제가 파일을 관리하는 방법을 말하는 것이다.