시안, 석유계 총탄화수소 등 시험용 시료는 농경지의 경우에는 중심이 되는 1개 지점과 주변 4 방위의 1~3m 거리에 있는 1개지점씩 총 5개 지점을 선정한다.

토양시료채취기가 없을 경우에 유기물질을 조사할 때에는 플라스틱 재질을 사용하고, 중금속의 경우에는 스테인리스 강 재질의 모종삽 또는 삽 등과 같은 기구가 적합하다.

공장지역ㆍ매립지역 등 농경지가 아닌 기타지역의 경우는 대상지역의 중심이 되는 1개 지점과 주변 4 방위의 5~10m 거리에 있는 1개 지점과 주변 4 방위의 5~10m거리에 있는 1개 지점씩 총 5개 지점을 선정한다.

채취한 토양시료 중 나머지는 입구가 넓은 500mL이상 용량의 플라스틱병에 가득 담고 마개로 막아 밀봉한 후 냉동상태로 실험실로 운반하여 수분보정용 시료로 사용한다.