생물학적 처리와 물리학적 처리의 동시진행을 위한 별도의 포집가스 처리시설이 필요하다.

생물상의 온도가 미생물의 활동에 의해 상승함에 따라 유입가스에 비해 유출가스 중의 수분함량이 증가하여 수분증발이 일어나 주기적인 수분공급이 필요하다.

시간이 지남에 따라 충전층이 압밀되어 바이오필터를 통과하는 배가스의 압력손실이 점차 커진다.

오염물질 분해반응에 따라 pH가 낮아지는 현상이 발생한다.