초장·성숙기·내병충성 등 유전력이 높은 형질에 대하여는 개체선발이 불가능하다.

유전력이 낮은 형질이나 폴리진이 관여하는 형질의 개체선발을 할 수 없다.

도복저항성과 같이 소식(疏植)이 필요한 형질은 불리하다.

밀식재배로 인하여 우수하지만 경쟁력이 약한 유전자형을 상실한 염려가 있다.