동위효소(isozyme) 또는 DNA단편의 품종간 차이를 이용하는 것이다.

분자표지가 목표형질의 유전자와 연관되어 있을 때 간접선발의 도구로 사용할 수 있다.

DNA 분자표지는 환경의 영향을 받아 달리 표현되는 경우가 종종 있다.

양친이 달라질 경우 다른 분자표지를 사용해야하는 경우가 있다.