분리육종에서는 재래종 집단을 대상으로 하고, 교잡육종에서 잡종집단을 대상으로 한다.

분리육종에서는 유전자재조합을 기대하는 것이고, 교잡육종에서는 유전자상호작용을 기개하는 것이다.

자식성식물에서는 두 방법 모두 동형 접합체를 선발한다.

자식성식물에서는 기존변이가 풍부할 때에는 교잡육종보다 분리육종이 더 효과적이다.