원품종의 유전자형을 크게 변화시키지 않고 특정형질만을 개량할 수 있다.

영양번식 식물에는 적용하기가 어렵다.

실용형질에 대한 돌연변이율이 매우 낮다.

인위돌연변이는 대부분 열성이므로 우성돌연변이를 얻기힘들다.