상호대립억제작용(allelopathy)은 잡초방제에 장애요소이다.

잡초방제에 이용되는 천적은 식해성(食害性) 곤충이어야 한다.

식물 병원균은 특성상 수생잡초의 생물적 방제에 이용 가능하다.

어패류의 이용은 초종 선택성이 없어 방류제한성이 문제가 된다.