분자표지는 다양한 품종 간 DNA 염기서열의 차이를 이용해서 제작할 수 있다.

분자표지의 유전분리는 일반 유전자와 같은 분리방식을 따른다.

DNA 분자표지는 환경에 영향을 받지 않기 때문에 선발시 안정적으로 사용할 수 있다.

품종 간에 근연일수록 분자표지의 다형성이 높아서 이용하기 쉽다.