종자보증은 농림부장관이 행하는 국가보증과 종자관리사가 행하는 자체보증으로 구분한다.

농림부장관은 종자관리사가 직무를 태만히 하거나 중대한 과오를 범한 때에는 그 자격을 취소할 수 있다.

채소종자의 보증 유효기간은 1년을 원칙으로 한다.

버섯종균의 보증 유효기간은 1개월을 원칙으로 한다.