유통 중인 종자에 관하여 분쟁이 발생한 경우에는 그 분쟁당사자는 해당 품종의 종자를 보증한 농림수산식품부장관이나 종자관리사에게 해당 품종의 종자보증에 관한 자료를 요구할 수 있다.

종자의 결함으로 인한 피해에 대한 보상을 청구하고자 하는 농업인은 기획재정부장관이 정하는 바에 따라 산출한 보상금을 종자업자에게 청구할 수 있다.

보상청구를 받은 종자업자는 보상청구를 받은 날로부터 10일 이내에 당해 보상청구에 대한 수락 여부를 결정하여야 한다.

종자산업법에 의한 보상합의는 법원에서의 화해와 같은 효력을 가진다.