꽃, 종자, 과실 등 생육 후기에 발현되는 형질도 생육 초기에 선발할 수 있다.

목적 형질에 관여하는 유전자가 열성인 경우에는 분자 표지를 이용해도 후대검정이 필요하다.

분자표지를 이용하면 선발의 효율성을 높이고 육종연한을 단축할 수 있다.

병이나 해충 저항성 연관표지는 접종과 같은 어려운 검정 작업이 없이도 목적 개체를 선발할 수 있다.