유전자지도는 표현형으로 나타나는 유전자표지 및 분자표지 간에 재조합 빈도에 기초하여 만들어지며 지도 단위는 bp로 나타난다.

물리지도는 재조합 빈도에 의존하지 않고 염색체를 구성하는 단편을 연결하여 만들어진다.

유전자지도 작성에 사용되는 분자표지는 물리지도 작성에 활용되기 어렵다.

유전자지도의 거리와 물리지도의 거리는 항상 일치하며 유전적 거리를 알면 물리적 거리를 예측할 수 있다.