납부된 품종보호료는 어떠한 경우라도 이를 반환하지 아니한다.

지방자치단체가 품종보호권의 설정등록을 받기 위하여 품좀보호료를 납부하여아 하는 경우 면제 받는다.

농림부장관이 인정하는 기초생활보호대상자는 품종보호료를 면제받을 수 있다.

품종보호권설정 등록 일부의 제 1년부터 제5년까지 2군의 옥수수, 호밀, 팥, 녹두 능의 품종보호료는 년간 10만원이다.