여러 가지 형질을 동시에 개량하기 어렵다.

복합저항성 품종을 육성하는데 비능률적이다.

재래종의 내병성을 이병성인 장려품종에 도입하는 경우에 효과적이다.

게놈이 다른 종·속의 유용유전자를 재배식물에 도입하는 데 유리하다.