식물병원세균의 학명도 2명법을 사용한다.

식물세균의 종류에 따라서는 아종(subspecies)으로나누기도 한다.

병원형(pathovar)의 기재가 필요한 경우에는 종명 뒤에 pv.를 붙여 사용한다.

식물병원세균의 분류와 동정에서 분자생물학적 성질은 기준이 되기 어렵다.