해당 관할구역의 국립농산물품질관리원(농관원) 사무소장 또는 인증기관의 장은 인증서 교부 이후 인증을 받은 자의 농장 또는 작업장 소재지를 방문하여 생산과정 조사를 실시하여야 한다.

인증 건별로 연3회 이상 생산과정 조사를 실시한다.

농관원장의 특별조사 계획이 있는 경우에는 조사주기와 상관없이 생산과정 조사를 실시한다.

조사시기는 해당 농산물의 생육기간(축산물은 사육기간) 또는 생산기간 중에 실시하고 가급적 인증기준 위반의 우려가 가장 높은 시기(일반재배에서 농약을 주로 사용하는 시기 등)에 실시한다.