지정의 유효기간은 5년이다.

인증기관의 지정에 관한 권한은 국립농산물품질관리원장과 국립수산물품질관리원장에게 위임되어 있다.

인증기관의 지정기준에는 조직 및 인력, 시설, 인증업무 규정에 관한 기준이 있다.

지정의 유효기간이 만료된 후 계속하여 인증업무를 하려면 그 유효기간 만료 후에 재지정을 받아야 한다.