가공업자는 유기농산물가공품을 생산함에 있어 전체원료 농산물을 유기농산물 인증을 받은 국내산 농산물을 사용하여야 한다.

인증대상품목은 식품위생법에 의하여 신고 또는 허가를 받은 품목으로 하며 최종제품이 아닌 중간 제품으로 허가를 받았거나 신고한 때에는 이를 포함하지 않는다.

유기농산물가공품 생산 가공 저장 보관시 사용할 수 있는 허용물질에 포함되지 아니한 물질이라도 코덱스식품규격위원회가 유기식품 가이드 라인에서 허용한 물질은 이를 사용할 수 있다.

유기농산물가공품 생산에 없어서는 안 되는 재료로써 유기농산물인증을 받은국내산원료를 구할 수 없는 대에는 인증기관의 승인을 받아 국내산 유기농산물이 아닌 재료를 최종제품에서 물과 소금을 제외한 중량비율 5%미만으로 유기농산물가공품 생산에 원료로 사용 할 수 있다.