강우 차단과 비료과다 사용으로 인해 시설재배 토양에 염류 집적이 일어나 토마토의 풋마름병 등 생육장해를 일으킨다.

시설재배토양을 개량하기 위해 유기물시용, 제염작물재배, 윤작재배 등을 하면 효과적이다.

노동집약적인 시설재배는 좁은 면적에 사람들의 잦은 왕래고 인한 답압과 관수작업으로 토양내 통기성이 불량하다.

화학비료의 지속적인 사용으로 시설재배 토양은 산성토양으로 변해 작물의 철(Fe)결핍 증상을 일으킨다.