계통육종은 F2세대부터 선발을 시작한다.

집단육종은 잡종초기세대에 집단재배하기 때문에 유용유전자를 상실할 염려가 적다.

계통육종은 육종재료의 관리와 선발에 많은 시간, 노력, 경비가 든다.

집단육종은 잡종초기세대에 선발노력이 필요하며, 집단재배기간동안 육종규모를 줄이기 어렵다.