거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 지정을 받은 경우에는 반드시 지정을 취소하여야한다.

정당한 사유없이 1년 이상 계속하여 인증을 행하지 아니한 경우 농림수산식품부장관은 그지정을 취소하거나 6개월 이내의 긴간을 정하여 그 업무의 전부 또는 일부의 정지를 명할 수 있다.

농림수산식품부장관은 인증기관이 업무정지 명령을 위반하여 정지간 중 인증을 하였을 때에는 그 지정을 취소할 수 있다.

인증기관의 지정이 취소된 후 3년이 경과하지 아니한 자는 인증기관으로 지정을 받을 수 있다.